Di origine trecentesca come cappella degli agostiniani (vennero sostituiti dagli Scolopi solo nel 1762), la chiesa fu completamente rivoluzionata in seguito ai grandiosi funerali del Duca Francesco I tenutisi qui nel 1659. L’insieme delle decorazioni che in quella occasione ornarono la cattedrale ebbe così tanto successo che Laura Martinozzi (vedova del successore di Francesco, Alfonso IV e reggente per diversi anni – nonché nipote del Cardinale Mazzarino) decise di trasformare la chiesa in Pantheon degli Este (per quanto oggi le tombe siano visibili presso San Vincenzo°°). Lavorarono al progetto Domenico Gamberti, Gian Giacomo Monti e Baldassarre Bianchi.
La semplice facciata, contigua a quella di Palazzo dei Musei, conserva un bel portale e un rosone cinquecentesco con cornice in cotto.
L’enorme interno, a navata unica e profondo presbiterio, è invece meravigliosamente decorato con statue, stucchi e dipinti. Il pregevolissimo soffitto a cassettoni è opera di Francesco Stringa, Sigismondo Caula e Oliver Dauphin. Giovan Pietro Piazza e Antonio Maria Costa realizzarono invece le opere plastiche. Dentro i clipei sono posti busti di santi e beati della famiglia d’Este, accanto ad angeli e figure allegoriche, scolpiti da Lattanzio Maschio e Giovanni Lazzoni, su disegno dello Stringa.
Nella prima cappella a destra, una bellissima Deposizione dalla Croce in terracotta di Antonio Begarelli del 1530, commissionata per l’oratorio di San Bernardino; nella seconda, San Michele dello Zoboli, voluto dal marchese Taddeo Rangoni; sotto la cantoria, trecentesca Vergine che allatta il Bambino o Madonna della consolazione di Tommaso da Modena; presso l’altare di destra, tela di Francesco Stringa del 1668.
A sinistra, dall’ingresso: Sant’Antonio di Adeodato Malatesta, del XIX secolo; tela di Francesco Vellani con San Giuseppe; Natività della Vergine, sotto la cantoria, del pittore Ettore Setti (XVI secolo).
Presso il presibiterio, a destra, munumento a Paolo Ruffini, grande matematico modenese; a sinistra, busto dello storico Carlo Sigonio, forse del Begarelli. L'altare è del primo Ottocento, di Sante Cavani.
