Posta Rinaldo I la prima pietra nel 1723 sul luogo di un edificio del 1190 e di uno cinquecentesco dedicato a San Michele, la chiesa attuale prese il nome dalla Confraternita di San Giovanni Battista della Buona Morte, compagnia dedita ad assistere i condannati alla pena capitale, qui trasferita nel 1774.
Si tratta dell’unica chiesa modenese che non sia annessa ad altri edifici. Dalle armoniche linee, tipicamente neoclassiche, il disegno della cappella è di Girolamo Frigimelica Roberti. L’interno è a pianta circolare; la lanterna raggiunge i 22 metri di altezza. La cantoria con l’organo settecentesco di Agostino Traeri occupa la controfacciata. Presso il coro si segnala la Decollazione del Battista di Francesco Vellani (XVIII sec.); nella cappella a sinistra, commissionata dalla corporazione dei calzolai, tela del 1734 di Antonio Consetti (da notare sullo sfondo la montagna che prende il volo retta da angeli); in quella di destra, del 1723, sempre di Antonio Consetti, Madonna e Santi commissionata dalla corporazione dei cocchieri (il cancelletto è del Malagoli). Appese alle pareti stanno numerose aquile estensi. A destra dell’altare la Madonna della Mercede o delle Catene è del 1897. Ma l’attrazione più significativa della chiesa è il Compianto su Cristo morto di Giudo Mazzoni: risalendo al 1479, si tratta della più antica opera del genere al mondo. Intense le espressioni dei soggetti (con ogni probabilità copiati da modelli vivi al tempo) e la drammaticità della scena.
Nella stanzetta prima della sacrestia si notano alcuni cruenti oggetti – per la maggior parte copie – che venivano utilizzati per le esecuzioni capitali dei condannati (dopo che erano stati confortati e fatti pentire, nonché drogati con erbe dai confratelli). Da qui si passa nella zona dietro l’altare, in cui gli scranni di legno ospitavano i frati nelle celebrazioni. Nella sacrestia: reliquiari, copribara, lumi votivi e un arazzo utilizzato nelle processioni al patibolo con la celebre scritta, tratta dal Qohelet, «vanitas vanitatum et omnia vanitas».
